Sau chiến thắng, chính quyền mới bắt đầu bằng việc thống nhất đất nước dưới một quyền lực duy nhất, hợp pháp và vững mạnh của triều đình. Hoàng cung được chuyển từ Kyoto đến Tōkyō cuối năm 1868. Quyền lực chính trị và quân sự của các phiên (han) bị bãi bỏ hoàn toàn, và các phiên sớm được đổi thành các tỉnh, với thống đốc được Thiên hoàng bổ nhiệm. Một cải cách lớn là việc hủy bỏ và truất hữu có hiệu quả tầng lớp samurai, cho phép rất nhiều các samurai chuyển sang các vị trí hành chính hay kinh doanh, nhưng đẩy rất nhiều người khác vào cảnh nghèo khó.[48] Các phiên phía Nam như Satsuma, Chōshū và Tosa, vốn giữ vai trò quyết định trong chiến thắng, chiếm giữ hầu hết các vị trí trọng yếu trong triều vài thập kỷ sau cuộc chiến, một tình thế đôi khi được gọi là "Chính thể đầu sỏ thời Minh Trị" và được chính thức hóa bằng việc thành lập Viện nguyên lão (genrō).[49] Năm 1869, theo lệnh của Thiên hoàng Minh Trị, đền Yasukuni (Tĩnh Quốc Thần Xã) ở kinh đô Tōkyō được xây dựng lại để vinh danh những người đã hy sinh vì sự nghiệp Minh Trị Duy tân trong chiến tranh Boshin.[50][51]

Một số lãnh đạo của chính quyền Shōgun cũ bị hạ ngục, và chỉ thiếu chút nữa là bị xử tử. Sự nhân từ này là nhờ sự kiên quyết của Saigō Takamori và Iwakura Tomomi, mặc dù phần lớn sức nặng là từ lời khuyên của Công sứ Anh là Parkes. Ông thúc giục Saigō, theo lời của Ernest Satow, "sự nghiêm khắc dành cho Keiki [Yoshinobu] hay những người đi theo ông ta, đặc biệt là theo lối trừng phạt cá nhân, sẽ làm tổn thương danh tiếng của chính quyền mới trong con mắt của các cường quốc châu Âu."[52] Sau 2 hay 3 năm bị giam, phần lớn bọn họ được mời cộng tác với chính quyền mới vài người đã có sự nghiệp rạng rỡ, như Enomoto Takeaki, sau này trở thành Công sứ tại Nga và Trung Quốc và Bộ trưởng Giáo dục.[53]

Triều đình Minh Trị không theo đuổi mục tiêu trục xuất các lợi ích ngoại quốc khỏi Nhật Bản, mà thay vào đó là mạnh mẽ chuyển mục tiêu chính trị sang việc tiếp tục hiện đại hóa quốc gia và tái đàm phán các hiệp ước bất bình đẳng với các cường quốc, sau này trở thành khẩu hiệu "Phú quốc, Cường binh" (富国強兵, fukoku kyōhei?). Sự thay đổi thái độ với người ngoại quốc này diễn ra trong những ngày đầu của cuộc nội chiến: vào ngày 8 tháng 4 năm 1868, một tấm biển được dựng lên ở Kyoto (và sau này trên toàn quốc) đặc biệt phản đối bạo lực đối với người nước ngoài.[54] Trong chiến tranh, đích thân Thiên hoàng Minh Trị tiếp kiến các Công sứ châu Âu, đầu tiên là ở cố đô Kyoto, sau đó là Osaka và Tokyo.[55] Một việc chưa từng có tiền lệ là buổi tiếp Alfred, Công tước xứ Edinburgh, tại Tokyo, "như một người "ngang hàng" với ông về khía cạnh dòng máu".[56]

Mặc dù những năm đầu thời kỳ Minh Trị chứng kiến sự nồng ấm trong quan hệ của triều đình với các cường quốc, quan hệ với Pháp vẫn lạnh nhạt vì sự ủng hộ ban đầu của Pháp với chính quyền Shōgun. Tuy vậy không lâu sau đó phái đoàn quân sự thứ hai được mời đến Nhật năm 1874, và phái đoàn thứ ba năm 1884. Sự hợp tác ở cấp cao trở lại năm 1886, khi Pháp giúp đóng hạm đội lớn đầu tiên của Hải quân Hoàng gia Nhật Bản, dưới sự hướng dẫn của kỹ sư hải quân Louis-Émile Bertin.[57] Công cuộc hiện đại hóa đất nước thực tế đã bắt đầu mạnh mẽ từ những năm cuối thời Mạc phủ, và chính quyền Minh Trị cuối cùng cũng áp dụng phương hướng tương tự, mặc dù nó đã đưa cả đất nước tiến tới hiện đại hóa theo một con đường hiệu quả hơn.

Sau lễ đăng quang của mình, Thiên hoàng Minh Trị ra chiếu chỉ Ngũ cá điều ngự thệ văn, ủng hộ hội họp thảo luận, hứa tăng cơ hội cho dân thường, hủy bỏ các hủ tục của thời kỳ trước và tìm kiếm tri thức trên toàn cầu để "củng cố nền móng uy quyền của Thiên hoàng"[58] Những cải cách nổi bật của thời kỳ Minh Trị bao gồm việc năm 1871 phế phiên lập huyện, theo đó các lãnh địa phong kiến và những người thống trị cha truyền con nối sẽ bị thay thế bằng các huyện với các tri sự do Thiên hoàng bổ nhiệm.[59] Những cải cách khác bao gồm việc tiến hành các trường học bắt buộc và giải tán các trường lớp Nho giáo. Cải cách lên đến đỉnh cao bằng việc cho ra đời Hiến pháp Đế quốc Nhật Bản năm 1889. Tuy vậy, bất chấp sự ủng hộ triều đình của tầng lớp samurai, nhiều cải cách đầu thời Minh Trị bất lợi cho lợi ích của họ: thành lập quân đội theo chế độ nhập ngũ từ dân thường. cũng như mất đi uy tín và lương bổng cha truyền con nối đã tạo nên sự đối kháng với rất nhiều cựu samurai.[60] Sự căng thẳng dâng cao ở miền Nam, dẫn đến cuộc Cuộc nổi loạn Saga năm 1874 và nổi loạn ở Chōshū năm 1876. Các cựu samurai ở Satsuma, lãnh đạo bởi Saigō Takamori, người đã ly khai triều đình vì bất đồng với chính sách đối ngoại, bắt đầu cuộc Chiến tranh Tây Nam năm 1877. Chiến đấu để bảo tồn tầng lớp samurai và một chính quyền đạo đức hơn, khẩu hiệu của họ "Tân chính, Hậu đức" (新政厚徳, shinsei kōtoku?). Chiến tranh chấm dứt bằng cuộc kháng cự anh dũng, nhưng hoàn toàn thất bại của các cựu samurai ở Shiroyama.[61]